Tutkimuksen perusaineistoja kerätään mm. kyselylomakkeilla, haastatteluilla, videoimalla sekä erilaisilla laitteilla ja antureilla. Tuotetun datan tulkinta ja vastuullinen käyttö vaativat usein kuitenkin muuta kontekstitietoa eli dokumentaatiota. Dokumentaatio on aineiston menetelmien, kokoamisen, rakenteen ja käsittelyn ajantasaista kuvailua tutkimuksen aikana. Sitä voi tutkimuksesta riippuen olla mm.
- muuttujien ja keskeisen sanaston sekä mittayksiköiden kirjallinen kuvailu
- taulukkomuotoinen inventaario haastattelujen perustiedoista, asetelmasta ja toteutuksesta
- koodikirjat, kenttä- ja laboratoriopäiväkirjat
- teknisten laitteiden tuottama tekninen metatieto esimerkiksi laitteiden kalibraatioista
Minimidokumentaationa voidaan pitää ReadME-tiedostoa (esimerksiksi .txt tai .doc -muodossa), joka tulee löytyä aineistokokonaisuuden pääkansiosta. Siinä tulee kuvailla lyhyesti aineiston perusmetatiedot (hankkeen nimi, tekijät, aineiston omistaja, linkki JYXissä julkaistuihin metatietoihin), kuvata kansiorakenne ja tiedostojen sekä kansioiden nimeämiskäytänteet. Mikäli muu aineiston käyttöön liittyvä dokumentaatio on kätevää kuvata samaan tiedostoon, on sekin mahdollista. Usein kuitenkin suositaan erillisiä dokumentaatiotiedostoja selkeästi nimetyssä alikansiossa (/DOCUMENTATION) tai erillisten aineistoalakansioiden yhteydessä omina tiedostoinaan (esimerkiksi kunkin kokeen alakansiossa mittaustulosten lisäksi kyseisen kokeen laboratoriopäiväkirjat).
Keskeinen osa dokumentaatiota on myös aineistoinventaari, johon kerätään tiedot kaikista aineistoista ja niiden keskeisistä ominaisuuksista, joita tutkimushankkeessa käytetään. Tämä on tärkeä työkalu hankkeelle itselleen kuin myös verraton apu muun dokumentaation työstämiseen.
Kaikkien julkaistavien aineistojen yhteydessä tulisi olla riittävä dokumentaatio sen ymmärtämiseen. Dokumentaatio tai sen osia on mahdollista julkaista myös silloin, kun itse aineistoa ei perustelluista syistä (esim. henkilötiedot) voida julkaista. Näin tutkija saa kerrottua maailmalle enemmän aineistostaan ja osaamisestaan.