Laissa ei ole tarkkaa tieteellisen tutkimuksen määritelmää. On kuitenkin tärkeä tunnistaa, milloin kyse on tieteellisestä tutkimuksesta ja milloin muusta selvityksestä (esim. mielipidetutkimus, viranomaisen (yliopisto) suunnittelu- ja selvitystehtävä tms.).
Ehkä käytännössä hyödyllisin on ratkaisu KHO 2013:181, jossa, tieteellisen tutkimuksen tunnusmerkkeinä on pidetty
- asianmukaista tutkimussuunnitelmaa,
- tekijöiden riittävää tieteellistä pätevyyttä,
- autonomisuuden ja julkisuuden vaatimuksia sekä
- tutkimuksen tieteellisiä päätavoitteita.
Tapauksessa lääke-epidemiologista tutkimustoimintaa harjoittava yhtiö oli hakenut julkisuuslain 28 §:ssä tarkoitettua tutkimuslupaa saadakseen lääkeyrityksen rahoittamaa tutkimusta varten käyttöönsä Kansaneläkelaitoksen reseptitiedostoon sisältyviä tietoja anonymisoituina. Yhtiön tutkimussuunnitelma täytti sinänsä ne laadulliset vaatimukset, jotka asianmukaiselta suunnitelmalta tuli edellyttää, ja tutkimuksen tekijöillä oli riittävä tieteellinen pätevyys. Lääkeyrityksen mukanaolo tutkimuksen rahoittajana ei sulkenut pois sitä, etteikö tutkimusta olisi voitu pitää tieteellisenä. Tutkimuksen oli kuitenkin täytettävä muun ohella autonomisuuden ja julkisuuden vaatimukset.
Ongelmaksi nähtiin se, että tutkimuksen avulla reseptitiedoista voitiin kerätä tutkimuksen rahoittavan lääkeyhtiön kannalta merkityksellisiä tietoja lääkkeiden ostamisesta ja käyttämisestä. Tutkimuksen rajaukset eivät olleet ongelmattomia, eikä lääkeyhtiön mahdollisuutta vaikuttaa tutkimuksen tuloksena syntyvien julkaisujen sisältöön suljettu pois. Näin ollen ei voitu riittävällä varmuudella päätellä, että tutkimuksen päätavoitteet olivat tieteellisiä. Tutkimuksen toteuttamistavan ja sen tieteellisyyteen liittyvien puutteiden vuoksi Kansaneläkelaitos oli voinut hylätä tutkimuslupahakemuksen julkisuuslain 28 §:n perusteella.
Yksityissektorin tutkimusten erityispiirteiden huomioon ottamiseksi Sosiaali- ja terveysalan tutkimus- ja kehittämiskeskus Stakes, Kansanterveyslaitos, Kela, Terveydenhuollon oikeusturvakeskus ja Työterveyslaitos ovat yhdessä laatineet (2.6.2006 päivätyn) muistion salassa pidettävien rekisteritietojen luovuttamisen periaatteista ja käytännöistä. Muistiossa on määritelty, mitä tarkoitetaan tieteellisellä tutkimuksella ja millaisin ehdoin salassa pidettäviä tietoja voidaan luovuttaa. Työryhmän muistion mukaan muun muassa seuraavat tuntomerkit ja määritelmät pätevät tieteelliseen tutkimukseen:
- Autonomisuus tarkoittaa, että tiedon syntytavan tulee olla riippumaton tutkijan, tiedeyhteisön ja ulkopuolisten mielipiteistä.
- Tieteelliseen tutkimukseen ei saa vaikuttaa tulosten taloudellinen, poliittinen, uskonnollinen tai moraalinen toivottavuus tai epätoivottavuus.
- Julkisuusperiaatteen mukaan tutkimuksen kulun ja tulosten tulee olla julkisia. Väitteen perustelun on oltava julkinen, jotta jokainen voi vakuuttua väitteen oikeutuksesta. Edistyvyydellä tarkoitetaan, että totuudenkaltaisuus kasvaa uuden tiedon hankinnan ja vanhan tiedon epätarkkuuksien ja virheiden poistamisen kautta.
On hyvä huomata, että edellä kerrotut esimerkit ovat koskeneet salassapidettävien tietojen käsittelyä.
Tietosuoja-asetusta edeltäneessä päätöksessä (dnro 859/45/98), joka koski ammattikorkeakoulun talouden ja hallinnon linjan opiskelijoiden opinnäytetyönään tekemää hautaustoimistojen ja seurakunnan palveluja koskevaa tutkimusta, tietosuojavaltuutettu katsoi ettei kyse ollut tieteellisestä tutkimuksesta, vaan lähinnä markkina- tai mielipidetutkimuksesta.