Arja Häkkinen toimii Emeritaprofessorina Jyväskylän yliopiston liikuntatieteellisessä tiedekunnassa. Erityisalana on kliininen tutkimus fysioterapiassa. Keskeisenä tutkimusaiheena on selvittää harjoitusterapian vaikuttavuutta toimintakykyyn, (pato)fysiologisiin muutoksiin ja elämänlaatuun mm. tuki- ja liikuntaelinsairauksissa (esim. nivelreuma, nivelrikko, niska-ja selkäsairaudet).
Arja Häkkisen tutkimus painottuu harjoitusinterventioiden vaikuttavuuden ja terveyshyödyn tutkimiseen sekä sairauksien ennaltaehkäisyssä että hoidossa. Tutkimukset toteutetaan monitieteellisessä yhteistyössä. Tavoitteena on työ- ja toimintakyvyn sekä elämänlaadun kohentaminen ja näin ollen terveydenhuollon kustannusten vähentäminen. Tutkimukset toteutetaan usein osana kliinistä käytäntöä, jolloin viive uusien terapiakäytänteiden implementoinnissa voidaan minimoida.